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跟踪：生物芯片的研究前景和最新进展
我是搞的基因芯片的专业，就来谈谈我个人的意见吧！在国内虽然目前来看芯片产业进入低潮期，但在国外芯片的重视程度要比国内高，投入也多，而且其相关的生物信息学的进展在很大程度上帮助了芯片的发展。一句话来说，前途是光明的，道路是曲折的。作为这行业的学者，应该看清形式，鼓起勇气。
刚刚看了一篇文章：题目是《microarray and histopathological analysis of tumours: the future and the past？》
全文主要介绍了一下microarray 在肿瘤病理学中的应用前景，读完后感触很深。
目前肿瘤的临床诊断最终都需要病理活检来确证，而病理诊断在很大程度上受到人的主观性的影响，如个人的经验等因素。
因此如何能够最大程度上克服人的主观因素的影响呢，microarray无疑是最好的选择，通过microarray对于不同类型肿瘤之间的比较，找到可以区分各种类型肿瘤的mark gene。另外，还可以通过microarray比较同一肿瘤不同亚型之间的mark gene。按照这样的思想，很可能形成一种新的定义不同肿瘤亚型的很客观的方法，从而更有利于临床诊断及个性化治疗。
但目前来说，通过microarray来进行肿瘤的分型还存在一些问题：
1.一个虽然用cluster分析可以解决正常组织的异质性问题，却不能克服肿瘤的异质性问题，而目前来说，microarray得到的大部分数据都是一个平均值。
2.还有就是在一个肿瘤中上调的基因在这一肿瘤中的每一个细胞中均上调吗？或者某一转录本仅仅只在某一特定的亚克隆中才被激活吗？
3.有时同一肿瘤内存在两种不同亚型的肿瘤细胞，若是肿瘤组织分离后，提取RNA，通过表达谱分析，结果就不能反映这一肿瘤的本质了。这种情况下要如何处理，是不是应该分别作为两种亚型的肿瘤来对待？
4.另外数据之间的比较的问题（不同实验及不同实验室间）尤其是oligo芯片的数据与cDNA芯片的数据不同直接比较，需要进行相应的处理
这些问题都是有待解决的问题。
上述是本人在读完之后的一些感想，也不知是否存在理解中的差异，但就是希望大家能够多多讨论讨论，支持我们的芯片产业。最后把本文中的一段较有意思的文字献给大家！
The most realistic scenario is that, in the near future (within 5–10 years), researchers
will use the new technologies to identify for each tumour type a panel of proteins that
allow it to be categorized based on expression pattern.Tumours will then be further characterized using immunohistochemical analysis of tissue sections. In the longer term, theresection or biopsy sample will still go to the pathologist, who will examine and assess the specimen by conventional means. The pathologist might also analyse tumour samples by array-based genomic, transcription and protein analysis.The combined data, perhaps in combination with ‘artificial neuralnetworks, will produce a unique tumour
fingerprint。Artificial neural networks are computer-based mathematical algorithms that can be trained to recognize complex patterns.Training data sets are used to teach
the network to recognize specific categories, such as subclassifications of cancer subtypes, using particular molecular profiles. Subsequently,the neural networks are used to assign new samples into specific categories using molecularprofiles that are derived from that sample.
Over a longer time period (> 10 years),microarray technology will lead to a large number of diagnostic and therapeutic approaches that can be readily used in the clinic.With the current explosion of technologyand other clinical specialists to embrace and
incorporate these changes into their training and practice.Molecular biologists will also
benefit from a closer interaction with pathologists.For the time being, however, pathology is far from dead. 感谢zhoujueyu 君的参与！
昨天看了一篇文献《胶质母细胞瘤基因表达谱及相关基因的聚类研究》，是发表在《中国神经外科疾病研究杂志》2004，3（3）刊。我感觉这篇文献反映了目前我国基因芯片论文的一个水平，也反映了大多数芯片工作者的一个研究思路。——————从万方上找到了它的原文，上传给有兴趣的朋友下载。
这里，简单谈谈我对芯片研究的一点感想吧：
1， 首先，不得不承认的是，相对于前几年，芯片类文章已经越来越难以发表了，据我了解，现在如果不做验证，只是做基因表达的差异列举，基本上是很难在国家级杂志上发表，更不用说是往国外投了！而需要注意的是，如果留意一下前些年已发表的文章，会发现很多这样的例子——比如简单用一个公司生产的表达谱芯片，进行不同组织的基因表达差异的研究，但只是列举出结果，说“这个实验结果对将来进一步诊断这种疾病有很大意义”之类的话，然后结束！在当时那个环境下，这样的文献因为做的人少，可以说投一篇，发一篇，现在你试试看，我估计审稿人连考虑的念头都没有。必须做统计学分析或者数据处理才可以！
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作者:admin@医学,生命科学 2010-10-27 17:11
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